Der Spieler folgt in EyeToy: Play Astro Zoo alleine oder im Kooperativmodus zum ersten Mal in einem EyeToy-Spiel einem spannenden Handlungsstrang: Der Astro Zoo der größte Zoo der Galaxis steht kurz vor seiner Eröffnung. Doch als er von einem Meteoritenschauer getroffen wird gelingt vielen Zootieren die Flucht aus ihren Gehegen!

Als intergalaktischer Zoowärter ist es am Spieler die vielen Tiere noch vor der Eröffnung wieder in den Zoo zurück zu bringen. Eine spannende Suche beginnt!