"Endless Ocean" lässt euch die fiktiven Gewässer des Manaurai Ozeans betreten. Ihr schlüpft in die Haut, oder besser in den Neopren-Anzug, eines Tauchers und erkundet eine riesige Unterwasser-Welt. Dabei begebt ihr euch auf die Suche nach exotischen Meereslebewesen, mit denen ihr auf Tuchfühlung gehen könnt, und bergt versteckte Schätze. Ihr erkundet neue Areale und entdeckt weitere Tierarten, die ihr dann per Kamera auf Bildern einfangen könnt. Ebenso könnt ihr vorgegebene Tauch-Missionen absolvieren, die zum Beispiel das Führen eines Tauch-Partners durch ein bestimmtes Gebiet oder das Aufspüren von Objekten beinhalten.