Im Original Mario vs. Donkey Kong hat Mario versucht alle Mini-Marios aufzuspüren... Diesmal allerdings sind die Minis am Zug! Mit dem Touchpen versuchen die Spieler, Mini-Marios durch verwirrende Level voller Hindernisse zu bugsieren.
Die Mini-Marios scheinen ziemlich begehrt zu sein. Sogar so sehr, dass die Mario Toy Company ihre Produktreihe um Mini- Donkey-Kong-, Mini-Toad- und Mini-Peach-Figuren erweitert hat. Das Spielzeug bringt Mario mehr Geld in die Kasse, als er ausgeben kann. Daher erfüllt er sich einen lange gehegten Traum und eröffnet einen Freizeitpark namens Super Mini Mario World.
Am Tag der Eröffnung sind auch Pauline und Donkey Kong vor Ort - der Riesenaffe verliebt sich Hals über Kopf in die junge Dame. Doch als sich Pauline gegen Donkey Kongs Mini-DK entscheidet und die Mini-Mario-Figur vorzieht, gerät der Affe in Rage. Er zertrümmert die Auslagen, zerstört die Spielzeugfiguren und entführt Pauline.
Die Spieler müssen sie finden und dafür sorgen, dass alles wieder in Ordnung kommt.
